وثائقي جميل (من DW) يختصر فكّ العلم لشيفرة سرّ الشيخوخة وإمكانيّة أن يحظى الإنسان بحياة أطول. الوثائقي يستعرض معلومات شيّقة حول أهميّة وجود الtelomeres في كروموزوماتنا البشريّة وتأثيرها على عُمْر الإنسان وسائر المخلوقات الحيّة:

https://www.youtube.com/watch?v=kHLryQmDptQ

ملاحظة: كنّا ذكرنا مسألة الtelomeres في وقتٍ سابق حين استعرضنا تقنيّة T2T (أو telomere to telomere) المُستخدمة حالياً لفكّ شيفرة ChrY في السلالة J1.

نترك لكم الإستمتاع بهذا الوثائقي – أخوكم د. هادي العاملي.

وصَلَنا العديد من الأسئلة حول القراءة الجديدة للكروموزوم الذكوري من طَرَفه الأدنى إلى طَرَفه الأقصى (Telomer to Telomer أو ما يُعرف بعبارة T2T) ومدى فائدته. لذا أحببنا أن نعرض بعض هذه الأسئلة والأجوبة عليها، لعلّها تخدم البحث الجاري في مشروعنا والمشاريع المجاورة له.

• ما معنى فحص T2T؟ وما الفرق بينه وبين الفحوصات السابقة؟
  • الفحص الجديد هو قراءة بمسح كامل لكروموزوم Y على طول 62 مليون bp (base pair أو ثنائي قاعدي – وحدة قياس الكروموزوم) الممتدّة بين طرفَيْه، المُسَمّيان Telomers، ومُعتمداً على عيّنات من السلالة J1 في دراسته. الفحص القديم قائم على حسابات المرجع hg38 (المطوّر عبر عيّنات R1) ويغطّي حوالي 40% من الطول الكُلّي لكروموزوم Y. لذا هناك أمل باكتشاف المزيد من التحوّرات والطفرات في مناطق جديدة عبر قراءات السلالة J1 الحديثة غير مشمولة بالمرجع السابق ومناطقه المُغطاة.
• هل أصبح الفحص مُتاح أمام الجميع لدى الشركات؟ ومن هم المفحوصون إلى الآن؟
  • الفحص ما زال تجريبي Experimental عبر شركة PACBIO وغيرها. وقد تمّ فحص ChrY HiFi-T2T لعيّنة واحدة أشكنازيّة برقم NA24385 في تاريخ 2021/11/16 على السلالة الذكوريّة J1، وتمّ فحص ChrX لنفس العيّنة في آن واحد. ونحن نظن أنّها من الفرع J-ZS241.
• ما إسم المرجع الجديد؟ وما إسم الآليّة المُستخدمة بالفحص؟
  • المرجع الجديد GenBank هو CP086568.1 المطوّر عبر عيّنات J1.
  • الآليّة المُستخدمة بالفحص: PacBio HiFi; Oxford Nanopore GridION; Oxford Nanopore PromethION
• هل تمّ عرض التحورات الجديدة في العيّنة الأولى NA24385؟ وهل هي نهائيّة؟
  • نعم، تمّ عرضها ولكنها ليست نهائيّة، وقد يطرأ عليها بعض التعديلات (زيادة أو نقصان)، حيث ظهر لديها 136 SNPs جديدة.
  • تجدون تفاصيل هذه التحوّرات الجديدة هنا: https://ybrowse.org/gbrowse2/gff/CP086569.1/CP086569_Mapping_Considerations.txt
• هل شموليّة الفحص مضمونة؟ وبكم تزيد عن التغطية السابقة (40%)؟
  • تبدو مضمونة وستزيد عن 40% بحسب نوعيّة الفحص (FGC أو WGS أو Y700) وشموليّة ملفات BAM. فلو استعرضنا أماكن التحوّرات الجديدة (ال136 SNPs) لوجدنا مُعظمها قريب من الأماكن المغطاة سابقاً، ولكنّنا نجد بعضها (27 SNPs) في أماكن تغطية جديدة (أعلى من 29Million B.P.s)، على الشكل التالي:

https://fgc8712.files.wordpress.com/2021/12/cp086569-snp-positions.png

• هل للتقنيّة الجديدة ملفات BAM؟ وهل يُمكن قراءتها؟
  • نعم، عبر إرجاع ملفات BAM القديمة (hg19 أو hg38) إلى FastQ data ومن ثمّ تحويلها إلى ملفات BAM جديدة بحسب المرجع الحديث عبر تقنية FASTQ Mapping to CP086569.1. ولا يُمكن استعمال المرجع hg38 للمقارنات قبل التحويل. يجب تعديل أماكن التحوّرات بحسب المرجع الجديد أوّلاً.
• هل ستُغيّر هذه الفحوصات الجديدة المُشجرات الحاليّة، وخاصّةً سلالتنا J1؟
  • لا بالتأكيد، لكنّنا نأمل بظهور تحوّرات جامعة لخطوط متّسمة بفقدان تكتّلاتها الواضحة (بشكل يُطابق المشجّرات التاريخيّة)، تماماً كما هو الحال مع الإمام الحسن المُجتبى أو الإمام موسى الكاظم عليهما السلام.

بالخلاصة، الفحص الجديد جيّد لكنه ليس بالشيئ المختلف كُليّاً، ولن يغيّر مشجراتنا الحالية بشكل عام. وما هو إلا عمليّة تطوير منطقيّة وطبيعيّة تحتاجها السلالة J1، نتمنّى أن نستفيد منها مستقبلاً.

ملاحظة: بعض المعلومات أعلاه ما زالت قيد التدقيق. نرجو ممن لديه معلومات إضافيّة أن يشاركنا بها.

وصلات خارجيّة: T2T Experiment ، FTT SNP index ، Telomere-to-telomere consortium

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الخامس والعشرين من شهر جمادى الأولى لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

مواضيع مُتعلّقة: مصادر علميّة لعُلوم المشجرات الجينيّة ، الفحوصات الجينيّة وتغطيتها ، BigY vs FGC ، معدّل خلق التحورات في 100 عام ، شموليّة تغطية الفحوصات

مقال جميل تمّ نشره مؤخّراً في مجلّة Nature العالميّة المرموقة يتحدث عن أصول وهجرات التحوّر الأعلى J1-M267 وتطوّر فروعه المُتعدّدة، لا سيّما التحوّرات P58 و L858، التي نزحت جنوباً الى جنوب بلاد الشام وجنوب العراق والجزيرة العربيّة واليمن. ويُركّز المقال على تموضع جغرافيا P58 في المشرق العربيّ وعُمْره الذي يزيد عن 9500 عام وعمليّة توسّعه خلال العصور النحاسيّة (Chalcolithic Age) والبرونزيّة (Bronze Age) والحديديّة (Iron Age). وهذا هو المقال:

https://www.nature.com/articles/s41598-021-85883-2.pdf

كما يذكر المقال بأنّ مُعدّل عُمْر التحوّر L858 هو 5300 سنة من يومنا هذا، تماماً كما حدّدناه في مُشجّرنا الجيني المُبارك (في الجدول أدناه)، وهذا يجعله فوق الحقبات المصريّة التاريخيّة وخارج الرواية الإبراهيميّة والإسماعيليّة المشهورة.

ويضمّ المقال في إحدى مشجّراته العيّنة الماليزية-الأندونيسية (الموجبة للتحوّر العلوي FGC10500 ورقمها SS6002754) المذكورة في مقالين سابقين (Pub1 & Pub2)، بالإضافة إلى عيّنتين “يعقوبيّتين” على التحور ZS2121.

ويُعرّج المقال على الإنعزال الجغرافي للتحوّر الأشكنازي L817 في شرق أوروبا (إحدى التكتّلات اليعقوبيّة العشرة تحت J1-M267 التي ذكرناها مِراراً وتكراراً في مقالات سابقة من مدونتنا)، قبل أن ينتهي بخلاصة أنّ انتشار الإسلام لم يُغيّر كثيراً من جُغرافيّة التحوّر J1-M267 المُتمركزة عموماً في المشرق العربي. ونترك لكم الإستمتاع بقراءة باقي تفاصيل المقال.

توقيع: وكتب د. هادي العاملي الحسني في التاسع من شهر شعبان لعام إثنين وأربعين وربعمائة وألف للهجرة.

مواضيع مُتعلّقة: مصادر علميّة لعُلوم المشجرات الجينيّة ، الفحوصات الجينيّة وتغطيتها ، BigY vs FGC ، معدّل خلق التحورات في 100 عام ، تكتّلات “يعقوبيّة” تحت J-M267 ، صحيفة J-M267 ، شموليّة تغطية الفحوصات

إعتماداً على أحدث المقالات العلميّة الجينيّة، نجد أنّ مُعدّل خلق التحورات الذكوريّة (mutation rate) يتراوح بين:

0.3×10-9 _ 0.5×10-9 mutation/bp/year

ونظراً لعدد ال base pair المتواجد على chrY (المتمثّل بحوالي 59MB) ومحدوديّة تغطية الفحوصات الحاليّة (المتمثّلة بحوالي 26MB من أصل 59MB)، فإنّ مُعدّل خلق التحورات الذكوريّة في كلّ مئة عام يتراوح بين:

0.78x_ 2.34 mutation/100 year

وذلك اعتماداً على المعادلات التالية:

0.3×10^-9x26x10^6×100 = 0.78 SNPs/100 year

0.9×10^-9x26x10^6×100 = 2.34 SNPs/100 year

26MB = 26×10^6 bp

ولتبسيط العمليّة الحسابيّة، نجد أنّنا نحصل على تحوّر واحد إلى ثلاثة تحوّرات كلّ مئة عام (أيّ كلّ ثلاث أو أربع أجيال).

بعض المراجع:

http://book.bionumbers.org/what-is-the-mutation-rate-during-genome-replication

https://en.wikipedia.org/wiki/Mutation_rate

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1461236

https://www.nature.com/articles/news.2009.864

مواضيع مُتعلّقة: مصادر علميّة لعُلوم المشجرات الجينيّة ، الفحوصات الجينيّة وتغطيتها ، BigY vs FGC

من بين حوالي 300 عيّنة عَلَويّة وطالبيّة وهاشميّة موجودة لدينا بالمشروع، يظهر إنتماء 17 عيّنة لعوائل وقبائل لم تشتهر بالنسب الشريف، أو بلقب “السيّد/الشريف“، أو بكونها من ذراري النبيِّ المُختار (ص) وابن عمّه أمير المؤمنين (ع). ونجد هذه العيّنات السبعة عشر مُوزّعة على الشكل التالي:

• 10 عينات تنتمي لعوائل صغيرة نِسبِيّاً لا يزيد تاريخها عن 150-200 عام، ومجهولة الأصول القديمة.
• 7 عينات منضوية تحت قبائل عربيّة كبيرة (مثل شمّر، حرب، مطر، الشبيلي، وغيرها) ولها إنفصال حديث العهد جينيّاً عنّا.

في كلا الحالتين، فإنّ هذا الإنفصال الحديث لهذه العيّنات عن أصلها العلوي والهاشمي يرجع الى مدّة لا تزيد عن القرن الحادي عشر هجري (في غالب الأحيان) ويُبقيها في جُغرافيا قريبة جدّاً من الجُغرافيا العَلَويّة، التي أصبحت واضحة المَعَالم.

ويُظهر هذا العدد الصغير من العيّنات أنّ نِسْبَتها لا تزيد عن %5 من العدد الكُلّي في المشروع، وهي نسبةُ خطأٍ عِلميّ مقبولة جدّاً (أو ما يُعرف ب scientific error). وتترافق هذه الظاهرة مع تاريخ طويل من تقتيل ومُحاربة العلويّين عبرَ مرّ العصور، ممّا جعلهم يلجؤون للآخرين وساهم في ضياع نسبهم وشُهرتهم الأصليّة.

مُلاحظة: بعض الأخوة العلويّين والطالبيّين من أصحاب الشُهرة بالنسب الشريف، فضّلوا عدم إضافة لقب السيّد أو الشريف إلى أسمائهم، وهذا لا يجعلهم ضُمن هذه العيّنات ال17 بأيّ شكل من الأشكال.

مواضيع مُتعلّقة: إحصائيات المشروع Project Statistics ، تحديث إحصائيّات المشروع ، مصادر عيّنات المشروع ، توجيهات عامّة وتحذير ، ترتيب العيّنات في المشروع ، مقاتل الطالبيين

مقالات ووصلات ممتازة تُظهر المُشجّر الجيني لفيروس CoViD-19 وانتشاره وطريقة تطوّره جينيّاً بشكل طبيعي (Natural Mutation) وليس بشكل صناعي (Bio-Engineered Mutation)، بعكس جميع الشائعات التي ظهرت مؤخراً عن حرب جرثوميّة وغيرها عبر مواقع التواصل الإجتماعي.

الفيروس بدأ وتطوّر لدى الخفافيش وانتقل إلى الإنسان في إحدى الولايات الصينيّة (Wuhan)، ولديه RNA وشفرة جينيّة معروفة لا تزيد عن 30 ألف nucleotide base مقارنة ب 60 مليون bp في Y-DNA Chromosome البشري.

وهذا هو المُشجّر الجيني للفيروس وتطوّره خلال الأشهر الماضية (إضغط كبسة Play على الخريطة):

https://nextstrain.org/ncov

مقالات إضافيّة للمهتمّين:

https://en.wikipedia.org/wiki/Coronavirus_disease_2019#cite_note-47

https://www.bioworld.com/articles/433110-researchers-trace-covid-19s-family-tree-to-battle-outbreak-and-infodemic

ht tps://www.latimes.com/science/story/2020-02-22/by-decoding-the-coronavirus-genome-scientists-hope-to-gain-the-upper-hand-in-the-outbreak