تحديث رقم #9 للفرع الحُسيني من المُشجّر FGC8712 بحسب التقنية T2T (v1)، بعد إضافة فرعين من عيّنات السادة الحُسَينيّين وتدقيق فرعين آخرين لهم، موزّعة على الشكل التالي:

• آل عسكري الرضوي –شمال الهند– (FGC54257 – فحص Y700).
• آل “السقاف” الحُسيني –الحجاز مع أصول مشرقيّة– (FGC54257 – فحص Y700).
• آل علوي الحُسيني –شرق الجزيرة– (FGC54257 – فحص Y700) – إعادة قراءة.
• آل النقيب الزهري الحُسيني –منطقة حلب التاريخيّة– (BY49997 – فحص Y700) – إعادة قراءة.

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة (باللون الأخضر الداكن)، تمّ تصْفِيَتها وإعادة ترتيبها على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي hg38):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/08/hussaini-t2t.png

وبرزت مع هذا المُشجّر الملاحظات التالية:

1- أدنى التكتّل الحُسيني الفرعي الأول (FGC54257):

• ظهور تحوّر إضافي جامع للسادة العلوي والحدّاد في شرق الجزيرة.
• ظهور تحوّرَيْن جامِعَيْن للسادة في شمال الهند والسادة في شرق الجزيرة، ليُصبح عدد تحوّراتهم المشتركة ثلاثاً.
• ظهور تحوّر إضافي جامع للسادة في شمال الهند وشرق الجزيرة مع زيود الجهراء وآل عطوي في جبل عامل.
• ظهور تحوّرات فرديّة جديدة تحت كلّ خطّ من العيّنات الثلاث.

2- أدنى التكتّل الحُسيني الفرعي الثاني (BY49997):

• ظهور تحوّرات فرديّة جديدة خاصّة بآل النقيب الحُسيني، مع غياب لأيّ تحوّرات مُشتركة جديدة تجمعها مع الخطوط الجينيّة المجاورة أسفل BY49997.

3- بروز تحوّر حُسيني جديد جامع لكافّة الخطوط الحُسينيّة، ممّا يدلّ على أنّ الجدّ الواحد قد يحمل أكثرّ من تحوّر T2T في آنٍ واحد (مسألة لا زالت قيد التدقيق).

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الحادي عشر من شهر ربيع الثاني لعام أربع وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

August 6th, 2022

——————————–

تحديث رقم #8 لمُشجّر FGC8712 وتحوّراته الفرديّة والمُشتركة الجديدة بحسب التقنية T2T، بعد إضافة 12 فرعاً من عيّنات السادة الحَسَنيّين (عدد 4) والحُسَينيّين (عدد 5) والقرشيّين (عدد 1) وإبراهيميّين (عدد 2)، موزّعة على الشكل التالي:

• عيّنات محضيّة (FGC8702): آل الجويلي الحذيفي (فحص DanteLab) وآل المحمودي الحَسَني (فحص FGC).
• آل الحكيم الطباطبائي الحسني (CTS8308 – فحص Y700)
• آل زامل الحسني (A31773 – فحص Y700)
• زيود الجهراء-المدينة (FGC54257 – فحص Y700)
• آل الرضوي وآل زيدي –شمال الهند– (FGC54257 – فحص Y700)
• آل سلطاني الحُسيني (FGC30416 – فحص Y700)
• آل الأطرقجي الحُسيني (FGC30416 – فحص Y700)
• آل المديني القرشي (ZS5448 – فحص Y700)
• آل الحازمي بني صالح وآل المنسكي (FGC8712 – فحص Y700)

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصْفِيَتها وإعادة ترتيبها، ليصل مجموعها إلى ما يزيد عن 85 تحوّر (غالبيّتهم دون ال30 مليون bp) موّزعين على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي hg38):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/06/t2t-tree-080622.png

وبرزت مع هذا المُشجّر الملاحظات التالية:

• حفاظ عيّنات آل الحازمي بني صالح وآل المنسكي على موقعهما الإبراهيمي الجيني الإنفرادي، تحت FGC8712، دون التقائهما مع العيّنات القرشيّة L859 والخزريّة-الأرمنيّة ZS2121 في أيّ جديد. وساهمت هاتان العيّنتان في ترتيب التحوّرات الجامعة في خطّ L859.
• حفاظ عيّنة آل المديني القرشي على موقعها القرشي الجيني الإنفرادي، تحت L859، دون التقائها مع العيّنات الهاشميّة ZS6406 والطالبيّة FGC8703 في أيّ جديد.
• توسّع التكتّل 24546063 الخاص بالسيد الحسين الأصغر بن الإمام زين العابدين (ع) ليشمل عيّنات السادة آل الأطرقجي وآل سلطاني، ممّا جعل العيّنات الحُسينيّة مُنحصرة في ست تكتّلات جينيّة (ثلاثة منها ضخم للغاية، BY49997 و FGC54257 و 24546063، وثلاثة انفراديّة، آل بهار والعوادي وصحرة) متوافقة مع عدد المُعقّبين من ذريّة الإمام زين العابدين -ع- (الإمام الباقر -ع- وعبدالله الباهر وعمر الأشرف وزيد الشهيد وعلي والحسين الأصغر).
• ظهور تحوّر إضافي 23940675 جامع للسادة في شمال الهند مع السادة الذبحاوي.
• ظهور تحوّر جامع للسادة آل زيدي –شمال الهند– وآل نعيم –بهار شريف– بشكل موافق لجغرافيا ذرية السيّد عبدالعزيز في خطّ سادة كراري.
• ظهور تحوّر جامع للسادة ذريّة الحسن المثنّى وموازي لتحوّره السابق A31774.
• حفاظ عيّنات آل الحكيم الطباطبائي وآل زامل الحسني كخطوط جينيّة منفردة داخل موقعهما الحسني المثنّى الجيني، تحت A31774.
• ظهور تحوّرين إضافيّين جامعين لعيّنات السادة الحذيفات (الجويلي والجهني والعفتان).
• ظهور ثلاث تحوّرات قتاديّة جامعة بين السادة آل المحمودي وآل المديحجي الهجاري الحسني. كما برزت عيّنتا السادة المحمودي والمديحجي موجبتين لتحوّرين يجمعاهما مع عيّنات السُليمانيّين (الحذيفات و الحضاريت والمشاييخ والنعميّين والفواتك)، دون تغطيةٍ لتحوّراتهم الثلاث الباقية.

في الخطوة التالية، سنسعى لدمج التحوّرات المُشتركة من المرجعين hg38 و T2T في مُشجّرات حسنيّة وحُسينيّة وطالبيّة وقرشيّة وإبراهيميّة جينو-تراثيّة مُختصرة ومُيسّرة للفهم والمتابعة.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الثامن من شهر مُحرّم الحرام لعام أربع وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

May 19th, 2022

——————————–

تحديث رقم #7 لمُشجّر FGC8712 وتحوّراته الفرديّة والمُشتركة الجديدة بحسب التقنية T2T، بعد إضافة 12 فرعاً هاشميّاً من عيّنات السادة الهواشم (عدد 1) والجعافرة (عدد 1) والحَسَنيّين (عدد 2) والحُسَينيّين (عدد 6) والعَلَويّين-العَبّاسيّين (عدد 2)، موزّعة على الشكل التالي:

• آل الشبركة الهواشم (ZS6406 – فحص DanteLab)
• آل سرور جعافرة المدينة (FGC67360 – فحص Y700)
• آل المديحجي الهجاري الحسني (FGC8702 – فحص DanteLab)
• آل خليل العاملي الحسني (A31773 – فحص Y700)
• آل عطوي وآل السنابسي الحُسيني (FGC54257 – فحص Y700 و FGC)
• آل الطالقاني وآل مهدي الجزائري وآل صحرة و آل العوادي الحُسيني (FGC30416 – فحص Y700)
• آل حمق وآل ربّاني العَلَوي-العَبّاسي (FGC38970 – فحص Y700)

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصْفِيَتها وإعادة ترتيبها، ليصل مجموعها إلى ما يزيد عن 150 تحوّر (غالبيّتهم دون ال30 مليون bp) وموّزع على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي hg38):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/05/t2t-tree-051922.png

وبرزت مع هذا المُشجّر المبارك التحوّراتُ المشتركة والفرديّة الجديدة على الشكل التالي:

• ظهور ثلاث تحوّرات مشتركة جامعة لعيّنتيّ السادة الهواشم (آل الشبركة وآل الهاشم).
• إمتداد التحوّر الثُنائي المشترك MNP لِيَجمع السادة آل سرور (جعفارة المدينة) مع آل سنبل وآل المسحر وآل إسحاق البلادي. وهو تحوّر خاص بعبدالله بن جعفر الطيّار (ع) –مع FGC67360-.
• ظهور تحوّر ثُنائي مشترك MNP جامع للعيّنات العَلَويّة-العَبّاسيّة (آل حمق وآل ربّاني وآل القديمي). وهو تحوّر خاص بعبيدالله بن العباس بن الإمام علي (ع) –مع FGC38790-.
• بروز عيّنة السادة آل خليل الحسني موجبة لتحوّريّ الإمام الحسن المُجتبى (ع) وولده الحسن المثنّى (رض)، وحفاظها على خطّ حسني جيني مستقلّ.
• بروز عيّنة السادة آل المديحجي الهجاري الحسني موجبة لتحوّريّ الإمام الحسن المُجتبى (ع) وولده الحسن المثنّى (رض) والتحوّرين الجامعين لهم مع عيّنات السُليمانيّة (الحذيفات و الحضاريت والمشاييخ والنعميّين والفواتك) دون تغطية الثلاث الباقية.
• حفاظ عيّنات السادة آل عطوي وآل السنابسي الحُسيني على موقعهما الجيني السابق (في المرجع hg38)، مع فصل عيّنة آل عطوي للتحوّرين T2T العُلوِييّن بين موجب وسالب، تحت FGC54257.
• حفاظ عيّنات السادة آل صحرة و آل العوادي الحُسيني على موقعهما الجيني الإنفرادي، تحت FGC30416.
• ظهور تكتّل السادة آل الطالقاني (الشهيرين بموروثهم الزيدي) وآل مهدي الجزائري تحت التحوّر 24546063 الذي يجمعهم مع باقي السادة الأعرجيّة (بشقّيهم الصالحي والعقيقي، المتكتّلين تحت DYS442=13) والذي يبدو خاص بالسيد الحسين الأصغر بن الإمام زين العابدين (ع) من دون وَلَده عُبيدالله الأعرج. ويظهر جليّاً أنّ تكتّل هاتين العيّنتين المُتمثّل بالتحوّر المُتكرّر DYS462=12 خاص بأحد أخوة عُبيدالله بن الحسين الأصغر (رض).
• وعدد كبير من التحوّرات الفرديّة تحت جميع عيّنات FGC8712 التي انتهينا من قراءتها (والبقيّة يلي فيما بعد).

ملاحظات:

• تبيّن أنّ التحوّر العلوي الثاني (المذكور في التحديثات السابقة) خاص بذريّة الإمام الحسين الشهيد (ع) فقط، بعد تأكيد سالبيّته للكثير من العيّنات الحسنيّة والهاشميّة.
• تمّ قراءة 46 عيّنة من أبناء FGC8712 على التقنيّة T2T إلى الآن (من أصل 54 نحتاجها لتكملة المشجّر T2T بشكل شامل)، حيث ننتظر قراءات 3 عيّنات ونرغب رَفْعَ 5 ملفات BAM باقية.
• ترتيب التحوّرات ما زال في طوره المتوسّط ويحتاج المزيد من العيّنات لتأكيد صحّته وتثبيت مواقعه.
• بعض التحوّرات تقع في أماكن Recombination وليست بالقوّة المطلوبة.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الثامن عشر من شهر شوّال لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

May 8th, 2022

——————————–

تحديث رقم #6 لمُشجّر FGC8712 وتحوّراته الفرديّة والمُشتركة الجديدة بحسب المرجع CP086569.1 (أو ما يُعرف بT2T)، بعد إضافة ستّ فروع طالبيّة من عيّنات السادة الجعافرة (عدد 1) والحَسَنيّة (عدد 3) والحُسَينيّة (عدد 2)، موزّعة على الشكل التالي:

• آل سنبل “الجعفري“ (FGC67360 – فحص Y700)
• آل العَمْري النعمي السليماني المحضي الحسني (FGC8702 – فحص DanteLab)
• آل مشول المشاييخ المحضي الحسني (FGC8702 – فحص Y700)
• آل حمزة الحضاريتي المحضي الحسني (FGC8702 – فحص Y700)
• آل نعيم الحُسيني (FGC54257 – فحص Y700)
• آل الشربجي الجمّازي العقيقي الأعرجي الحُسيني (ZS10833 – فحص Y700)

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصْفِيَتها وإعادة ترتيبها، ليصل مجموعها إلى 110 تحوّر مترامي على مختلف أرجاء ChrY (غالبيّتها دون ال30 مليون bp) وموّزع على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي hg38):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/04/t2t-tree-050822.png

وبرزت مع هذا المُشجّر المبارك التحوّراتُ المشتركة والفرديّة الجديدة على الشكل التالي:

• إمتداد التحوّر الثُنائي المشترك MNP لِيَجمع السادة آل سنبل مع آل المسحر وآل إسحاق البلادي.
• ظهور تحوّرات MNP و SNP جامعة للعيّنات السُليمانيّة الستّة (الحذيفات و الحضاريت والمشاييخ والنعميّين والفواتك).
• ظهور تحوّر مشترك ثاني يجمع السادة آل شير وإلياس ونعيم والذبحاوي مع السادة آل العلوي وآل الحداد، تحت FGC54257.
• ظهور تحوّر مشترك (بعد طول انتظار) يجمع السادة الأعرجيّة الصالحيّة بالسادة الأعرجيّة العقيقيّة الطاهريّة (بقوة متوسّطة، موجب لدى جميع العيّنات الأعرجيّة وسالب لدى باقي العيّنات الحُسينيّة).
• وعدد كبير من التحوّرات الفرديّة تحت جميع عيّنات FGC8712 التي انتهينا من قراءتها (والبقيّة يلي فيما بعد).

كما برزت المُفارقة التالية بعد تطوير العيّنات السُليمانيّة:

• عدم ظهور تحوّر مشترك يجمع السادة النعميّين (المشاييخ والعَمْري) فيما بينهم أو مع السادة الفواتك (يُمكن ظهوره مع المزيد من العيّنات).

ملاحظات سريعة:

• تمّ قراءة 34 عيّنة من أبناء FGC8712 على التقنيّة T2T إلى الآن (من أصل 54 نحتاجها لتكملة المشجّر T2T بشكل شامل)، حيث ننتظر قراءات 7 عيّنات ونرغب رَفْعَ 13 ملف BAM باقية.
• ترتيب التحوّرات ما زال في طوره المتوسّط ويحتاج المزيد من العيّنات لتأكيد صحّته وتثبيت مواقعه.
• بعض التحوّرات تقع في أماكن Recombination وليست بالقوّة المطلوبة.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في السابع من شهر شوّال لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

April 4th, 2022

——————————–

تحديث رقم #5 لمُشجّر FGC8712 وتحوّراته الفرديّة والمُشتركة الجديدة بحسب المرجع CP086569.1 (أو ما يُعرف بT2T)، بعد إضافة تسع فروع عَلَويّة من عيّنات السادة الحَسَنيّة (عدد 2) والحُسَينيّة (عدد 7)، موزّعة على الشكل التالي:

• آل عبدالله البحراني-القطري “الزيدي الحسني“ (FGC11714 – فحص FGC)
• آل الفود “الفاتكي السليماني المحضي الحسني“ (FGC8702 – فحص Y700)
• آل الذبحاوي الحُسيني (FGC54257 – فحص Y700)
• فروع اليحي الحُسيني الأربع (BY49997 – فحوصات Y700)
• آل العياسا والجمّازي العقيقي الأعرجي الحُسيني (ZS10833 – فحص Y700)

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصْفِيَتها وإعادة ترتيبها، ليصل مجموعها إلى 62 تحوّر مترامي على مختلف أرجاء ChrY (غالبيّتها دون ال30 مليون bp) وموّزع على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي hg38):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/03/t2t-tree-040322.png

وبرزت مع هذا المُشجّرِ المباركِ التحوّراتُ المشتركة والفرديّة الجديدة على الشكل التالي:

• تثبيت التحوّر الثاني (A31774) كتحوّر خاص بالحسن المثنّى –رض– جامع لكافة السادة من ذريّته، بعدما بدا سالباً في عيّنة آل عبدالله “الزيدي الحسني” وموجباً لدى السادة العاملي والحذيفات والفود الحسنيّين.
• تحوّر MNP سُداسي مشترك جديد يجمع السادة السراجي وعبدالله البحراني (الزيود الحسنيّين).
• تحوّران يجمعان السادة الحذيفات والفود الحسنيّين (مُرشّح أحدهما أن يكون خاص بسليمان الحرابي أو ولده داود المحمود)، مع تحوّر ثالث جامع للسادة الحذيفات فقط (تحت FGC68220).
• إرتفاع التحوّر المشترك (A31780) ليجمع السادة آل الذبحاوي مع سادة بحار الهند من أبناء التحوّر الحُسيني الفرعي (FGC54257)، مع بقاء تحوّرين خاصّين بسادة بحار (بجانب FT405482).
• تحوّر ثالث جديد جامع للسادة الأعرجيّة العقيقيّة الطاهريّة (بجانب ZS10833).
• تحوّر عدناني عالي إضافي (يبدو فوق L859).
• وعدد كبير من التحوّرات الفرديّة تحت جميع عيّنات FGC8712 التي انتهينا من قراءتها (والبقيّة يلي فيما بعد).

كما برزت المُفارقات التالية، بدلالاتها المُهمّة بعد تطوير هذا الكمّ الكبير من العيّنات الحُسَينيّة:

• عدم ظهور تحوّر مشترك يجمع السادة الأعرجيّة الصالحيّة بالسادة الأعرجيّة العقيقيّة الطاهريّة.
• عدم ظهور تحوّر مشترك يجمع السادة العيّاسا بالسادة الجمّازي، ممّا يُرجّح أنّ الأخير من ذريّة مهنّا بن جمّاز الأوّل. 
• عدم ظهور تحوّر مشترك جامع لأيّ من الفروع الستّة (خط بنو زهرة وخطوط اليحيى والخط الفائزي-العاملي) تحت التحوّر الحُسيني الفرعي (BY49997)، ممّا يُرجّح أنّهم ستّة أبناء مُتفرّقين تحت الجدّ الجيني الجامع لهم، والذي يتراوح بين ثلاث إحتمالات (إسحاق المؤتمن أو إبراهيم المرتضى أو الإمام الصادق نفسه -ع-).
• عدم ظهور تحوّر مشترك رابع يجمع السادة آل الفائزي بآل مكّي العاملي (بجانب BY50918)، مع التنويه بأنّ العديد من التحوّرات الفردية الظاهرة بالتغطية الأجود لفحوصات Dante Lab لعيّنة آل فائز ليس لها تغطية في جميع عيّنات T2T-Y700 تحت BY49997.

ملاحظات سريعة:

• تمّ قراءة 28 عيّنة من أبناء FGC8712 على التقنيّة T2T إلى الآن. وما زلنا نعمل على ستّة منها لاستخراج تحوّراتهم الفرديّة.
• ترتيب التحوّرات ما زال في طوره المتوسّط ويحتاج المزيد من العيّنات لتأكيد صحّته وتثبيت مواقعه.
• بعض التحوّرات تقع في أماكن Recombination وليست بالقوّة المطلوبة.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الفاتح من شهر رمضان المُبارك لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

March 13th, 2022

——————————–

تحديث رابع لمُشجّر FGC8712 وتحوّراته الفرديّة والمُشتركة الجديدة بحسب المرجع CP086569.1 (أو ما يُعرف بT2T)، بعد إضافة أربع فروع عَلَويّة وطالبيّة من عيّنات السادة الحُسَينيّة (عدد 3) والجعافرة (عدد 1)، موزّعة على الشكل التالي:

• آل فائز “الموسوي” الحُسيني (BY49997 – فحص Y700)
• آل مكّي/مكّة العاملي الحُسيني (BY49997 – فحص Y700)
• آل الحداد “الموسوي” الحُسيني (FGC54257 – فحص FGC)
• آل سيّد إسحاق البلادي “الجعفري“ (FGC67360 – فحص Y700)

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصْفِيَتها وإعادة ترتيبها، ليصل مجموعها إلى 59 تحوّر مترامي على مختلف أرجاء ChrY وموّزع على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/02/t2t-tree-031222-1.png

وهنا برزت التحوّرات المشتركة والفرديّة الجديدة تحت الخطوط الطالبيّة المُتنوّعة على الشكل التالي:

• تحوّر مشترك جديد يجمع السادة العلويّين جميعاً (A31794) موازي لتحوّر أمير المؤمنين عليه السلام (FGC10500).
• تحوّر ثاني يبدو جامعاً لكافة السادة من ذريّة الحسن المثنّى –رض– (A31774).
• تحوّر MNP مشترك جديد يجمع السادة الجعافرة (آل المسحر وآل إسحاق البلادي).
• تحوّران مشتركان جديدان يجمعان السادة الحذيفات (آل فهد العفتان وآل عليان ذوي جهني).
• تحوّر مشترك جديد (A31779) يجمع السادة الحُسينيّين من أبناء التحوّر الحُسيني الفرعي (FGC54257).
• ثلاث تحوّرات مشتركة جديدة تجمع السادة آل شير وآل إلياس وتحوّر واحد مشترك يجمع السادة آل العلوي وآل الحداد، تحت FGC54257.
• تحوّر مشترك جديد (A31785) يجمع السادة الأعرجيّة الصالحيّة موازي لتحوّراتهم الجامعة (FGC40136).
• وعدد كبير من التحوّرات الفرديّة تحت جميع عيّنات Y700 التي انتهينا من قراءتها (والبقيّة يلي فيما بعد).

وقد تمّ تشفير 29 تحوّر من هذه التحوّرات ال59 الجديدة بعد إضافتها ضمن تحوّرات الجمعيّة الدوليّة لعلم الأنساب الجيني (ISOGG) وبمرجعيّة تخصّ أبناء المشروع، وهذه واحدة منها على سبيل المثال:

https://ybrowse.org/gb2/gbrowse/CP086569.1/?name=CP086569.1%3A12497103..12497103

ملاحظات سريعة:

• ترتيب التحوّرات ما زال في طوره الأوّل ويحتاج للمزيد من العيّنات لتأكيد صحّته وتثبيت مواقعه.
• بعض التحوّرات تقع في أماكن Recombination وليست بالقوّة المطلوبة.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الحادي عشر من شهر شعيان لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

February 21st, 2022

——————————–

يَسُرّنا ويُشرّفنا الإعلان عن ثالث تحديث لمُشجّر تحوّرات المرجع CP086569.1 (أو ما يُعرف بT2T)، بعد إضافة خمس فروع عَلَويّة من عيّنات السادة الحَسَنيّة (عدد 4) والحُسَينيّة (عدد 1)، و فرع سادس “يعقوبي“، موزّعين على الشكل التالي:

• آل السراجي الزيدي الحسني (FGC11714 – فحص WGS)
• آل عفتان الحذيفات السليماني المحضي الحسني (FGC68220 – فحص WGS)
• آل عليان ذوي جهني الحذيفات السليماني المحضي الحسني (FGC68220 – فحص FGC)
• آل طباجة العاملي الحسني (BY37594 – فحص Y700)
• آل العلوي “الموسوي” الحُسيني (FGC54257 – فحص Y700)
• آل Okonski “اليعقوبي” (ZS2102 – فحص FGC)

وظهرت معه بشارة التحوّر الموعود الذي طالما انتظرناه وبحثنا عنه، وهو تحوّر الإمام الحسن المُجتبى (عليه السلام) الجامع لكافة فروع السادة الحَسَنيّة في هذا المُشجّر الجميل، على الموقع التالي:

 G > A   21194562

كما ظهر تحوّر ثاني يبدو جامعاً لكافة السادة من ذريّة الحسن المثنّى (لكن بدون تغطية لدى عيّنة السراجي الزيدي)، على الموقع التالي:

 A > G  12384785

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصفيتها وإعادة ترتيبها، لتبدو موّزعة على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/02/t2t-tree-022122-1.png

هذا الترتيب للتحوّرات ما زال آخذاً في تطوّره ويحتاج للمزيد من العيّنات لتثبيت صحّته وتثبيت مواقع تحوّراته. وقد بدت بعض التحوّرات غير مغطاة في بعض العيّنات (التي نحتاج استبدالها بعيّنات T2T مجاورة من نفس الخط)، وبعضها سالب لعيّنة السادة آل الهاشم وغير مُغطّى في عيّنة المُسحّر “الجعفريّة“، على سبيل المثال، ممّا يدلّ على موقعها المجاور للتحوّر الطالبي FGC8703 والعلوي FGC10500 أو مادونهما. وبهذه الظاهرة قد لا نستبعد ظهور تحوّرين اثنين في جيل واحد.

كما تمكّنا من تصفية عدد كبير من التحوّرات الفرديّة وتمّ إضافتها في المُشجّر لعيّنات السادة العاملي والنقيب (بنو زهرة) والبوجاسم. والباقي سيتمّ عرضه في تحديثات لاحقة.

ملاحظات سريعة:

• التحوّرات الجديدة تمّ رفعها جميعاً لمؤسسة ISOGG العالميّة لأرشَفَتِها وتشفيرها بالمُستقبل (والشكر موصول لمن ساهم بهذه المُساعدة).
• ننصح برفع عيّنات WGS و FGC و Y700 إلى هذه التقنيّة الجديدة كونها تصل بالتغطية إلى الستين مليون base pair على ChrY في غالب الأحيان.
• نحتاج رفع عيّنتين أو ثلاث من كل خطّ جيني هاشمي وعَلَوي حتى نطابقها بالمشجرات التقليديّة الجينيّة والتاريخية (المُدوّنة في أمهات الكتب).
• من المهم رفع بعض عيّنات قريش المغمس والأعاضيد وعيّنات بني صالح والمنسكي وفروع “يعقوبيّة” مُتنوّعة.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في التاسع عشر من شهر رجب الأصبّ لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

February 12th, 2022

——————————–

تمّت قراءة خمس ملفات BAM إضافيّة، من المرجع hg38 إلى CP086569.1 (أو ما يُعرف بT2T)، لفروع هاشميّة متنوّعة من عيّنات السادة:

• آل كمونة الصالحي الأعرجي (FGC40136 – فحص FGC)
• آل الشمري “الأعرجي الحُسيني” (ZS10833 – فحص FGC)
• آل القديمي “العبّاسي العلوي” (FGC39790 – فحص WGS)
• آل المُسحّر “الطالبي الجعفري” (FGC36860 – فحص FGC)
• آل الهاشم “الهاشمي” (ZS6406 – فحص FGC)

وظهرت معهم عدّة تحوّرات مشتركة جديدة (باللون الأخضر)، تمّ تصفيتها وإعادة ترتيبها، لتبدو موّزعة على شكل المُشجّر التالي (قبل دمجه بمُشجّرنا التقليدي):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/02/t2t-tree-021122.png

هذا الترتيب للتحوّرات ما زال في طوره الأوّل من النمو ويحتاج للمزيد من العيّنات لتأكيد صحّته وتثبيت موقعه. وقد ظهرت بعض التحوّرات سالبة لعيّنة السادة آل الهاشم وعيّنات التكتّل العربي FGC1695 (المستعملة ك negative control)، ممّا يدلّ على موقعها المجاور للتحوّر الطالبي FGC8703 والعلوي FGC10500 أو مادونهما.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في العاشر من شهر رجب الأصبّ لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

——————————–

February 2nd, 2022

——————————–

تمّ إعادة مسح وقراءة أربع ملفات BAM حُسينيّة من المرجع الحالي hg38 إلى المرجع الجديد CP086569.1 (أو ما يُعرف بT2T) لعيّنات السادة:

• آل عكل الصالحي الأعرجي (FGC40136 – فحص Y700)
• آل حاج موسى النقيب الزهري الجعفري (BY49997 – فحص Y700)
• آل شير الحُسيني (FGC54257 – فحص Y700)
• آل إلياس الحُسيني (FGC54257 – فحص WGS)

وأتت بعدّة تحوّرات مشتركة وفرديّة جديدة، تمّ تصفيتها عبر مقارنتها بعيّنتين من خارج مجموعتنا الجينيّة (FGC8712) ترجعان للتكتّل العربي الضخم المجاور لنا FGC1695 (والمستعملة ك negative control). وكان التركيز على التحوّرات المُشتركة الجديدة في المرحلة الأولى من البحث، دون الخوض في غمار التحوّرات الفرديّة كونها كثيرة العدد ويتراوح الكثير منها بين الضعيف وسيئ التغطية في ملفات Y700-BAMs.

وهُنا يسُرّنا الإعلان عن أوّل مجموعة من التحوّرات المُشتركة الخاصّة بمجموعتنا الشمسيّة من تحوّرات T2T وعددها خمسة عشر، وتتوزّع على الشكل التالي:

• 10 تحوّرات محلُّها بين التحوّر الحُسيني الجامع FGC30416 وسقف تحوّرنا الأعلى FGC8712 (لا زالت قيد الترتيب مع تطوير المزيد من الملفات).
• 4 تحوّرات أسفل التحوّر الحُسيني الفرعي FGC54257 وصولاً إلى الجد الجامع بين آل شير وآل إلياس.
• تحوّر موجب بين أبناء التكتّلين BY49997 و FGC54257، لكنّه بدون تغطية في ملف السادة آل عكل (لا زال قيد الترتيب مع المزيد من الملفات).

وهكذا بدا المُشجّر الأوّلي لهذه العيّنات الأربع (من دون دمجه بمُشجّرنا التقليدي – ريثما يتمّ ترتيب التحوّرات المُشتركة الجديدة):

https://fgc8712.files.wordpress.com/2022/02/t2t-snps.png

ملاحظات عديدة:

• ننصح برفع عيّنات WGS و FGC و Y700 إلى هذه التقنيّة الجديدة كونها تصل بالتغطية إلى الستين مليون base pair على ChrY.
• التحوّرات العشرة العُليا قد يكون بعضها جامع لخطوط إبراهيميّة عُليا كخطيّ بني صالح وآل المنسكي.
• الملفات القادمة (ذات التغطية الكاملة) ستُظهر المزيد من التحوّرات المُشتركة في المواقع المٌترامية بين 30 و 60 مليون bp.
• سيتمّ ترقية عيّنات من كلّ فرع جيني إبراهيمي وقرشي وهاشمي وطالبي وعلوي وحسني وحُسيني، حتى نُعيد ترتيب هذه التحوّرات المُشتركة بشكل يسمح لنا دمجها في المُشجر الجيني التقليدي.
• نشكر الأخوة الذين زوّدونا بعيناتهم من أبناء التكتّل الكريم FGC1695، فهي كانت غاية في الأهميّة ولا زالت.

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الثلاثين من شهر جمادى الآخرة لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

مواضيع مُتعلّقة: قراءة الكروموزوم الذكوري T2T ، مصادر علميّة لعُلوم المشجرات الجينيّة ، الفحوصات الجينيّة وتغطيتها ، BigY vs FGC ، معدّل خلق التحورات في 100 عام ، شموليّة تغطية الفحوصات