وصَلَنا العديد من الأسئلة حول القراءة الجديدة للكروموزوم الذكوري من طَرَفه الأدنى إلى طَرَفه الأقصى (Telomer to Telomer أو ما يُعرف بعبارة T2T) ومدى فائدته. لذا أحببنا أن نعرض بعض هذه الأسئلة والأجوبة عليها، لعلّها تخدم البحث الجاري في مشروعنا والمشاريع المجاورة له.

• ما معنى فحص T2T؟ وما الفرق بينه وبين الفحوصات السابقة؟
  • الفحص الجديد هو قراءة بمسح كامل لكروموزوم Y على طول 62 مليون bp (base pair أو ثنائي قاعدي – وحدة قياس الكروموزوم) الممتدّة بين طرفَيْه، المُسَمّيان Telomers، ومُعتمداً على عيّنات من السلالة J1 في دراسته. الفحص القديم قائم على حسابات المرجع hg38 (المطوّر عبر عيّنات R1) ويغطّي حوالي 40% من الطول الكُلّي لكروموزوم Y. لذا هناك أمل باكتشاف المزيد من التحوّرات والطفرات في مناطق جديدة عبر قراءات السلالة J1 الحديثة غير مشمولة بالمرجع السابق ومناطقه المُغطاة.
• هل أصبح الفحص مُتاح أمام الجميع لدى الشركات؟ ومن هم المفحوصون إلى الآن؟
  • الفحص ما زال تجريبي Experimental عبر شركة PACBIO وغيرها. وقد تمّ فحص ChrY HiFi-T2T لعيّنة واحدة أشكنازيّة برقم NA24385 في تاريخ 2021/11/16 على السلالة الذكوريّة J1، وتمّ فحص ChrX لنفس العيّنة في آن واحد. ونحن نظن أنّها من الفرع J-ZS241.
• ما إسم المرجع الجديد؟ وما إسم الآليّة المُستخدمة بالفحص؟
  • المرجع الجديد GenBank هو CP086568.1 المطوّر عبر عيّنات J1.
  • الآليّة المُستخدمة بالفحص: PacBio HiFi; Oxford Nanopore GridION; Oxford Nanopore PromethION
• هل تمّ عرض التحورات الجديدة في العيّنة الأولى NA24385؟ وهل هي نهائيّة؟
  • نعم، تمّ عرضها ولكنها ليست نهائيّة، وقد يطرأ عليها بعض التعديلات (زيادة أو نقصان)، حيث ظهر لديها 136 SNPs جديدة.
  • تجدون تفاصيل هذه التحوّرات الجديدة هنا: https://ybrowse.org/gbrowse2/gff/CP086569.1/CP086569_Mapping_Considerations.txt
• هل شموليّة الفحص مضمونة؟ وبكم تزيد عن التغطية السابقة (40%)؟
  • تبدو مضمونة وستزيد عن 40% بحسب نوعيّة الفحص (FGC أو WGS أو Y700) وشموليّة ملفات BAM. فلو استعرضنا أماكن التحوّرات الجديدة (ال136 SNPs) لوجدنا مُعظمها قريب من الأماكن المغطاة سابقاً، ولكنّنا نجد بعضها (27 SNPs) في أماكن تغطية جديدة (أعلى من 29Million B.P.s)، على الشكل التالي:

https://fgc8712.files.wordpress.com/2021/12/cp086569-snp-positions.png

• هل للتقنيّة الجديدة ملفات BAM؟ وهل يُمكن قراءتها؟
  • نعم، عبر إرجاع ملفات BAM القديمة (hg19 أو hg38) إلى FastQ data ومن ثمّ تحويلها إلى ملفات BAM جديدة بحسب المرجع الحديث عبر تقنية FASTQ Mapping to CP086569.1. ولا يُمكن استعمال المرجع hg38 للمقارنات قبل التحويل. يجب تعديل أماكن التحوّرات بحسب المرجع الجديد أوّلاً.
• هل ستُغيّر هذه الفحوصات الجديدة المُشجرات الحاليّة، وخاصّةً سلالتنا J1؟
  • لا بالتأكيد، لكنّنا نأمل بظهور تحوّرات جامعة لخطوط متّسمة بفقدان تكتّلاتها الواضحة (بشكل يُطابق المشجّرات التاريخيّة)، تماماً كما هو الحال مع الإمام الحسن المُجتبى أو الإمام موسى الكاظم عليهما السلام.

بالخلاصة، الفحص الجديد جيّد لكنه ليس بالشيئ المختلف كُليّاً، ولن يغيّر مشجراتنا الحالية بشكل عام. وما هو إلا عمليّة تطوير منطقيّة وطبيعيّة تحتاجها السلالة J1، نتمنّى أن نستفيد منها مستقبلاً.

ملاحظة: بعض المعلومات أعلاه ما زالت قيد التدقيق. نرجو ممن لديه معلومات إضافيّة أن يشاركنا بها.

وصلات خارجيّة: T2T Experiment ، FTT SNP index ، Telomere-to-telomere consortium

توقيع: وكتب هادي العاملي الحسني في الخامس والعشرين من شهر جمادى الأولى لعام ثلاث وأربعين وأربعمائة وألف للهجرة.

مواضيع مُتعلّقة: مصادر علميّة لعُلوم المشجرات الجينيّة ، الفحوصات الجينيّة وتغطيتها ، BigY vs FGC ، معدّل خلق التحورات في 100 عام ، شموليّة تغطية الفحوصات