Y-DNA tests

تحديث من hg19 إلى hg38

لقد حدّثت شركة FTDNA من منظومة مواقع ChrY لديها واعتمدت الكيان الجديد hg38 بدلاً من الكيان القديم hg19. كذلك تمّ اعتماد هذا الكيان الجديد لدى مجتمع ISOGG الجيني وشركة YFull. هذا التغيير سيمنحنا المزيد من الدقة في قراءة التحورات، ولكنه سيغيّر مواقع الأخيرة كُلّياً على ChrY.

وبما أنّ شركة FGC لم تعتمد هذا التحديث إلى الآن (ونظنّها ستعتمده لاحقاً)، سنضّطر لإستعمال و عرض القراءتين القديمة والجديدة في آن معاً عند إنشاء المشجر الجيني.

ولمعرفة مواقع هذه التغيّرات في ChrY، يمكنكم قراءة هذا الرابط:

http://www.ytree.net/hg19tohg38.html

فعلى سبيل المثال، تتغيّر مواقع التحورات الخاصة بنا بين الكيانين (hg19 و hg38) على ChrY بالشكل التالي:

hg38 – الكيان الجديد   hg19 – الكيان القديم
15,272,075 17,383,955 FGC8712 / G > A
13,908,470 16,020,350 L859 / G > A
7,523,736 7,391,777 FGC8703 / A > G
20,706,147 22,868,033 FGC10500 / T > C
20,980,021 23,141,907 FGC30416 / T > C

ولتحويل مواقع تحوّرات ChrY كاملةً بين الكيانين hg19 و hg38، يمكنكم إستعمال هذا الرابط:

http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver

تعريف مصطلحات:

GRCh38 = Genome Reference Consortium Human Reference 38 = human genome 38 = hg38

GRCh Build 37 = hg19

مجتمع ISOGG الجيني:

http://ybrowse.org/gb2/gbrowse/chrY